Die Abteilung für Funktionelle Mikrobiologie beschäftigt sich mit der Erforschung und Bekämpfung von Keimen, die sowohl für die Lebensmittelsicherheit als auch für die Tiergesundheit relevant sind.

Im Fokus der derzeitigen Forschungsaktivitäten stehen Virulenz- und Persistenzmechanismen von ausgewählten Human- und Tierpathogenen.

Ein weiterer Schwerpunkt liegt auf dem Einsatz der Fourier-Transform Spektroskopie zur Bearbeitung differentialdiagnostischer und epidemiologischer Fragestellungen.