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Das Institut für Mikrobiologie beschäftigt sich mit mikrobiologischen Fragestellungen rund um die Aspekte Tiergesundheit, Tierhygiene und Lebensmittelsicherheit.
Im Zentrum der derzeitigen Forschungsaktivitäten steht die Aufklärung von Virulenz- und Persistenzmechanismen ausgewählter Bakterien aus den Gattungen Bacillus, Mykoplasma und Staphylokokkus, unter besonderer Berücksichtigung von Pathogen-Wirt-Interaktionen. Das Verständnis der Pathogenitätsmechanismen auf molekularer Ebene ermöglicht die Entwicklung innovativer Ansätze zur Diagnostik sowie zur Behandlung und Prävention bakterieller Erkrankungen.

Die diagnostische Einrichtung des Instituts bearbeitet klinische Proben unterschiedlichster Tierarten unter Anwendung anerkannter Standardtests, molekularer Verfahren sowie innovativer Techniken zur Artdiagnose. Einen weiteren Schwerpunkt bilden molekular-epidemiologische Analysen und die taxonomische Aufarbeitung nicht-klassifizierter Erreger.