Erkrankungen des inneren und äußeren Genitales können übersehen werden und im Extremfall bei jungen Hunden zu Unfruchtbarkeit führen. Die Untersuchung geht zunächst wie bei der Zuchttauglichkeitsuntersuchung vor sich, weiterführende Untersuchungen können angeschlossen werden, wie zum Beispiel: Harnentnahme, Gewinnung von Prostatasekret, Blutentnahme, ultraschallgeleitete Punktion von Prostatazysten.