Eine aus der Gebärmutter und/oder dem Muttermund entnommene Probe wird zur Untersuchung des Vorhandenseins an potentiell krankhaften Bakterien oder Pilzen entnommen. Solche Krankheitserreger können vorhanden sein, ohne dass es zu sichtbaren Symptomen einer Gebärmutterentzündung kommt. Das Vorhandensein der Krankheitserreger verhindert aber das Entstehen einer Trächtigkeit oder gefährdet – falls es zur Trächtigkeit in Anwesenheit solcher Krankheitserreger kommt - das Austragen eines gesunden Fohlens. Daher ist eine Behandlung erforderlich. Meist kann über Notwendigkeit und Art der Behandlung von Krankheitserregern, die in einer Tupferprobe festgestellt werden, aber nur aufgrund der Ergebnisse einer eingehenden gynäkologischen Untersuchung erfolgen, so dass wir eine Tupferprobenentnahme nie als ausschließliche Untersuchungsmethode durchführen.