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Giardien sind geißeltragende Einzeller, die auf der Oberfläche des Dünndarms parasitieren und durch ihre Bewegungen und ihre Nahrungsaufnahme Entzündungen und in Folge Durchfall verursachen. Die Ansteckung erfolgt durch das Auflecken von Umweltstadien, so genannten Zysten, meist mit verunreinigtem Wasser. Im Darm wandelt sich die Zyste in das Vermehrungsstadium um, die Parasiten heften sich mit ihrer Haftscheibe an der Darmschleimhaut an und teilen sich. Nimmt die Anzahl der Parasiten im Darm überhand, verursacht dies schleimigen Durchfall, in dem oft Fibrinflocken oder Blutbeimengungen zu sehen sind. Da durch den Durchfall auch viele Parasiten aus dem Darm entfernt werden, kommt es im Lauf der Infektion oft zu einer spontanen Besserung, die aber nicht als Heilung zu sehen ist, da die übriggebliebenen Giardien sich wieder vermehren und der Durchfall von Neuem auftreten kann. Dieser Zyklus von Parasitenvermehrung und Durchfall, abwechselnd mit Phasen mit geformtem Kot, wird entweder durch die sich entwickelnde Immunität oder durch eine konsequente Therapie unterbrochen.

Giardienbefall ist eine der häufigsten Diagnosen bei der Kotuntersuchung von Hunden und Katzen. Viele Tiere zeigen trotz Ausscheidung keine oder nur gelegentliche Krankheitserscheinungen, die neben Durchfall auch Blähungen, Leibschmerzen und Appetitlosigkeit beinhalten können. Da Giardien in der Umgebung von Tieren, vor allem auf Grünflächen und in Wassernähe, überall vorkommen können, ist die Gefahr einer (wiederholten) Infektion sehr hoch. Daher wird eine Behandlung nur empfohlen bei Tieren, die Krankheitserscheinungen zeigen, oder bei Tieren, die ein besonderes Risiko für andere Tiere darstellen, z. B. Ausscheider in Tierheimen oder Katzenzuchten. Die Möglichkeit der Übertragung der Giardien von Haustieren auf den Menschen wird immer wieder diskutiert; eine Diagnose von Giardien mit einem solchen Übertragungspotential ist nur genetisch möglich und wird daher nicht routinemäßig durchgeführt. Wissenschaftliche Studien aus Mitteleuropa haben gezeigt, dass der Großteil der infizierten Hunde nur Genotypen ausschieden, die Hunde infizieren können; Katzen schieden größtenteils den Katzen-Genotyp aus. Zoonotische Erreger waren nur selten im Kot von Hunden oder Katzen zu finden. Streunertiere dagegen kommen regelmäßig in Kontakt mit menschlichen Ausscheidungen und können entsprechend eher Giardien ausscheiden, die für den Menschen ansteckend sind. Hygiene im Umgang mit dem Kot infizierter Tiere ist nicht nur wichtig für die Vermeidung der Übertragung auf den Menschen, sondern auch auf andere Tiere. Hundekot ist zu beseitigen und zu entsorgen; Futtergeschirr und Liegedecken sollten heiß gewaschen und getrocknet werden, um die Zysten zu inaktivieren, und regelmäßiges Händewaschen nach Kontakt mit Kot und das Tragen von Überschuhen z.B. in Tierheimen und Zuchten verhindert den Eintrag von Kot in die Umgebung der Tiere.

Die Diagnose des Giardienbefalls wird durch Kotuntersuchung gestellt. In der Flotation sind die sehr kleinen (7-10x8-15 µm) und beinahe durchsichtigen Zysten nur schwer auszumachen; dies erfordert diagnostische Erfahrung, weshalb in der Praxis häufig nur ein Schnelltest durchgeführt wird. Dabei ist zu beachten, dass nach Behandlung ein Test für die Überprüfung des Behandlungserfolgs nicht zu früh (Nachweis noch ausgeschiedener toter Parasiten) noch zu spät (Nachweis einer Reinfektion?) gemacht werden sollte, also etwa 4-5 Tage nach Ende der Therapie. Da die Parasiten nicht regelmäßig ausgeschieden werden empfiehlt es sich unbedingt, für eine Untersuchung den Kot von 2-3 Tagen zu sammeln und als Sammelprobe zu untersuchen.

Giardien werden bei einer Routineentwurmung nicht mit erfasst und sind nach entsprechender Diagnose zu behandeln. Fenbendazol (z. B. Panacur® Paste) ist ein gegen Rundwürmer wirksames, aber auch zur Behandlung von Giardieninfektionen zugelassenes Medikament. Um ausreichend wirksam zu sein muss es über mehrere Tage verabreicht werden. Oft ist nach Diagnose eine weitere Anwendung nötig. Dabei spielt es weniger eine Rolle, ob das Tier eine nicht vollständig eliminierte Infektion hat oder eine Reinfektion, denn für eine endgültige Beseitigung der Infektion ist wahrscheinlich hauptsächlich die Entwicklung der Immunität zusammen mit der Behandlung und Hygiene verantwortlich.