Werner Waldhäusl ist seit 2005 Vizerektor für die Kliniken (Tierspital und klinische Dienstleistungen) an der Vetmeduni Vienna. Prof. Waldhäusl ist Mitglied zahlreicher nationaler und internationaler medizinischer Organisationen. Seine wichtigsten beruflichen Stationen waren die I. Medizinische Universitätsklinik und die Universitätsklinik für Innere Medizin III am AKH Wien; letzterer stand er von 1992 bis zu seiner Emeritierung auch vor.

Zu den Agenden des Vizerektors für die Kliniken gehören alls Angelegenheiten des Tierspitals bzw. klinischen Bereichs, die nicht ausdrücklich in die Kompetenz eines anderen Organs fallen. Darüberhinaus ist er Seuchenbeauftragter für die gesamte Universität und Vorsitzender der Ethikkommission. Eine detaillierte Liste der Aufgaben und der ihm zugeordneten Service- und allgemeinen Einrichtungen findet sich in der Geschäftsordnung des Rektorats.