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Themeneinreichung für Professor:innen

Bachelorarbeiten

Short Description of the Thesis/Topic:
We are looking for students interested in molecular dynamics (MD) simulations of membrane proteins. Part of our research is concerned with the simulation of model biophysical membrane systems. In particular, we focus on the inner mitochondrial transmembrane carrier proteins immersed in a phospholipid bilayer composition. MD, as a computational method that uses Newton's laws to evaluate the motions of molecules in time, allows the understanding of biophysical systems at the molecular level. The goal is to study the function and stability of the membrane protein. The model systems provide insights into the yet unknown mechanisms and function of mitochondria

Required Skills and Knowledge:
Previous experience and knowledge of biophysics and UNIX commands would be an advantage, but is not a requirement.

Planned duration of the thesis project:
March/April to June

Language of the Thesis:
English

Name of the Institute/Clinic/Unit:
Department of Biomedical Sciences

Contact Person for the Thesis:

Sanja Vojvodic
Sanja.Skulj@vetmeduni.ac.at
+43 1 25077-4572  

Interested candidates may reply until: 
March

Short Description of the Thesis/Topic:
We are looking for students interested in molecular dynamics (MD) simulations of membrane proteins. Part of our research is concerned with the simulation of model biophysical membrane systems. In particular, we focus on the inner mitochondrial transmembrane carrier proteins immersed in a phospholipid bilayer composition. MD, as a computational method that uses Newton's laws to evaluate the motions of molecules in time, allows the understanding of biophysical systems at the molecular level. The goal is to study the function and stability of the membrane protein. The model systems provide insights into the yet unknown mechanisms and function of mitochondria.

Required Skills and Knowledge:
Previous experience and knowledge of biophysics and UNIX commands would be an advantage, but is not a requirement.

Planned duration of the thesis project:
March/April to Juli/August/September

Language of the Thesis:
English

Name of the Institute/Clinic/Unit:
Department of Biomedical Sciences

Contact Person for the Thesis:

Sanja Vojvodic
Sanja.Skulj@vetmeduni.ac.at
+43 1 25077-4572  

Interested candidates may reply until: 
March

Short Description of the Thesis/Topic:

During a power blackout, various facets of on-farm livestock production are adversely impacted, compounded by the closure of rendering plants for approximately 72 hours. This results in the accumulation of animal carcasses and by-products on farms, with no collection mechanisms in place during this period. The primary objectives of this project are:

The different steps and objectives of this project are as follow:
1) Impact Assessment: Identify both direct and indirect consequences of a power blackout on animal by-products; and quantify the extent of accumulation of animal by-products on farms during a blackout.
2) Management Strategies: Define effective options to address the identified impacts of a power blackout on the management of animal by-products.
3) Cost Estimation: Evaluate the economic implications of not managing animal by-products during a blackout; Estimate the costs associated with implementing various options for the management of animal by-products during a blackout;

To achieve these objectives, the student will collect data via a survey supported by the Landwirtschaftskammer Steiermark. Moreover, we will use data from the  Verbrauchergesundheitsinformationssystem (VIS) and data provided by the rendering plant. Support will be provided for the calculation.

Required Skills and Knowledge:

- Ability to conduct literature review
- Ability to conduct interview (in German) and transfer the data into Excel file
- Driving license
- Good communication skills
- Comfortable with the English language

Additional Information:
The student will mostly work in the Team of the Veterinärdirektion - Veterinärwesen Steiermark, in Graz.
The student will receive a monthly stipend of 800 euros.

Planned duration of the thesis project:
02.04.2024 to 30.09.2024

Language of the Thesis:
English (communication with stakeholders will be in German)

Name of the Institute/Clinic/Unit:
Centre for Food Science and Veterinary Public Health, Clinical Department for Farm Animals and Food System Science

Contact Person for the Thesis:

  • Assoc.-Prof. Amélie Desvars-Larrive, amelie.desvars@vetmeudni.ac.at, 0125077-3538  
  • Dr. Hiesel Jörg (Veterinärdirektion Steiermark), joerg.hiesel@stmk.gv.at, 0316877-8763

Interested candidates may reply until: 
20/03/2024 (to A. Desvars-Larrive and J. Hiesel)

Kurzbeschreibung der Abschlussarbeit/des Themas: 
Post-mortem erhobene Tierwohlindikatoren können rückblickend auf die gesamte Lebensspanne wertvolle Hinweise auf tierschutzrelevante Aspekte (Haltung, Management, Krankheitsgeschehen) liefern. Im Rahmen dieser Diplomarbeit sollen an unterschiedlichen Standorten der Tierkörperverwertung bei verschiedenen Tierarten manuelle Erhebungen von Tierwohlindikatoren durchgeführt werden.
Im Anschluss an die praktischen Erhebungen sollen die gesammelten Daten in Bezug auf das Auftreten tierschutzrelevanter Veränderungen und diese beeinflussender sowie mit diesen korrelierenden Faktoren ausgewertet und die Ergebnisse wissenschaftlich diskutiert werden.

Anforderungen/erforderliche Kenntnisse: 
Zeitliche Flexibilität, Bereitschaft zu praktischen Erhebungen außerhalb von Wien, Genauigkeit, Zuverlässigkeit, Eigenverantwortlichkeit, Teamfähigkeit

Zustätzliche Bemerkungen:
Publikationsbereitschaft und gute Englischkenntnisse werden erwartet.

Voraussichtliche Dauer der Abschlussarbeit:
15.04.2024 bis 15.10.2024

Sprache, in der die Abschlussarbeit verfasst werden soll:
Englisch oder Deutsch

Organisationseinheit: 
Zentrum für Tierernährung und Tierschutzwissenschaften

Ansprechpartner:in/Betreuer:in für die Abschlussarbeit:

  • Ass.-Prof. Dipl.ECAWBM (AWSEL) Dr.med.vet. Johannes Baumgartner (johannes.baumgartner@vetmeduni.ac.at, 01-250774904)
  • Dr.med.vet. Kristina Maschat, BA (kristina.maschat@vetmeduni.ac.at, 01-250774919)

Rückmeldung von Interessent:innen erbeten bis: 
01.04.2024

Kurzbeschreibung der Abschlussarbeit/des Themas: 
Post-mortem erhobene Tierwohlindikatoren können rückblickend auf die gesamte Lebensspanne wertvolle Hinweise auf tierschutzrelevante Aspekte (Haltung, Management, Krankheitsgeschehen) liefern. In einem oberösterreichischen Schlachtbetrieb sollen sowohl manuell wie auch digital anhand eines Kamerasystems Tierwohlindikatoren beim Mastschwein (z.B. Schwanz- und Hautläsionen) erhoben werden. Ebenfalls sind weiterführende Untersuchungen (bildgebende Verfahren, pathologische Befundung) an einer vordefinierten Stichprobengröße angedacht. Die auf Basis dieser verschiedenen Erhebungsmethoden gewonnenen Daten sollen verglichen und auf Korrelationen überprüft werden.

Anforderungen/erforderliche Kenntnisse: 
Zeitliche Flexibilität, Bereitschaft zu praktischen Erhebungen außerhalb von Wien, Genauigkeit, Zuverlässigkeit, Eigenverantwortlichkeit, Teamfähigkeit

Zustätzliche Bemerkungen:
Publikationsbereitschaft und gute Englischkenntnisse werden erwartet.

Voraussichtliche Dauer der Abschlussarbeit:
15.04.2024 bis 15.10.2024

Sprache, in der die Abschlussarbeit verfasst werden soll:
Englisch oder Deutsch

Organisationseinheit: 
Zentrum für Tierernährung und Tierschutzwissenschaften

Ansprechpartner:in/Betreuer:in für die Abschlussarbeit:

  • Dr.med.vet. Kristina Maschat, BA (kristina.maschat@vetmeduni.ac.at, 01-250774919)
  • Ass.-Prof. Dipl.ECAWBM (AWSEL) Dr.med.vet. Johannes Baumgartner (johannes.baumgartner@vetmeduni.ac.at, 01-250774904)

Rückmeldung von Interessent:innen erbeten bis: 
01.04.2024
 

Kurzbeschreibung der Abschlussarbeit/des Themas: 
Der Einsatz von Sensoren zur Erfassung der Wiederkauaktivität von Rindern hat in den letzten Jahren zunehmend an Bedeutung gewonnen. Etablierte Vertreter derartiger Sensorsysteme sind beispielsweise der „RumiWatch“ Halfter, „smaXtec“ Bolus oder die „Smartbow“ Ohrmarke. Der Einsatz von maschinellem Sehen („Computer Vision“, CV) zur automatisierten Erfassung der Wiederkauaktivität in Videosequenzen mittels künstlicher Intelligenz, ist bisher nur wenig erprobt. CV bietet jedoch einige potenzielle Vorteile – unter anderen müssen hierfür keine Manipulationen am Tier, z.B. für das Anbringen eines Sensors vorgenommen werden und eine Kamera ist in der Lage, mehrere Tiere gleichzeitig zu beobachten.
Im Rahmen eines PhD-Projektes an der Abteilung für Bestandsbetreuung beim Wiederkäuer soll ein CV-Algorithmus zur Erfassung der Wiederkautätigkeit von Rindern entwickelt werden. Zur Unterstützung bei diesem Projekt suchen wir einen Diplomanden / eine Diplomandin. Der praktische Teil der Diplomarbeit besteht aus der Auswertung von Videos, die hinsichtlich der Wiederkauaktivität der Rinder klassifiziert werden sollen. Zusätzlich sollen einzelne Bildsequenzen der Videos mit Anmerkungen versehen werden, die zum Trainieren eines KI-Modells verwendet werden können. Abschließend soll der entwickelte Algorithmus mit einem der bereits vorhandenen Sensorsystemen hinsichtlich Genauigkeit verglichen werden.

Anforderungen/erforderliche Kenntnisse: 
Interesse an innovativen Technologien zum Tiergesundheitsmonitoring von Rindern, Interesse an Video-basierten Verhaltensanalysen

Zustätzliche Bemerkungen:
Der geplante Start der Diplomarbeit ist Frühjahr bzw. Sommer 2024

Voraussichtliche Dauer der Abschlussarbeit:
01.05.2024 bis 31.10.2024

Sprache, in der die Abschlussarbeit verfasst werden soll:
Nach Absprache in Deutsch oder Englisch

Organisationseinheit: 
Klinisches Department für Nutztiere und Sicherheit von Lebensmittelsystemen 
Klinisches Zentrum für Wiederkäuer- und Kamelidenmedizin, Abteilung Bestandsbetreuung

Ansprechpartner:in/Betreuer:in für die Abschlussarbeit:

PD Dr. med. vet. Michael Iwersen, 
E: michael.iwersen@Vetmeduni.ac.at 
T: +43 2672 82335 32

Mag. med. vet. Mathias Gosch 
E: mathias.gosch@Vetmeduni.ac.at
T: +43 2672 82335 37

Rückmeldung von Interessent:innen erbeten bis: 
Schnellstmöglich

Kurzbeschreibung der Abschlussarbeit/des Themas: 
Im Rahmen dieser Diplomarbeit sollen verschiedene Kopfbedeckungen bezüglich ihres Schutzes vor ultravioletter Strahlung getestet werden. Die Messungen werden mit elektronischen Miniaturmessgeräten an Schaufensterpuppen vor Sonne durchgeführt. 
Die Messungen sollen den gesamten Bereich an möglichen Sonnenhöhen (max: 21.Juni mittag) abdecken.
Neben den UV-Schutzfaktoren, sollen ERTAs (Verhältnis zur ambienten UV-Strahlung) in Abhängigkeit der Sonnenhöhe für die verschiedenen Kopfbedeckungen bestimmt werden, sowie die Wirkungsgrenzwinkel.

Anforderungen/erforderliche Kenntnisse: 
Kenntnisse in Excel, Genauigkeit, Experimentierfreudigkeit, Ausdauer

Zustätzliche Bemerkungen:
Die Messungen müssen bei wolkenlosem Himmel bzw. bei geringer Bewölkung und relativ geringer Windstärke durchgeführt werden. Sie sollten daher in der Zeit von Mai bis Juli zeitlich absolut flexibel sein.

Voraussichtliche Dauer der Abschlussarbeit:
bis 21.07.2024

Sprache, in der die Abschlussarbeit verfasst werden soll:
Deutsch

Organisationseinheit: 
Abt. Physiologie und Biophysik, AG Umweltgesundheit

Ansprechpartner:in/Betreuer:in für die Abschlussarbeit:

  • Mag.Dr. Alois W. Schmalwieser, alois.schmalwieser@vetmeduni.ac.at

Rückmeldung von Interessent:innen erbeten bis: 
30.04.2024
 

Campylobacter jejuni is the most common cause of food-borne bacterial enteritis worldwide, primarily associated with poultry. A high prevalence of C. jejuni, together with an increasing level of antimicrobial resistance, became a serious problem in human medicine whereas in chickens it has deleterious effects on gut health. Diet may alter the resistance to infection as it influences the microbial dynamics of the gut. Unravelling the link between feeding strategies and gut physiology in the context of a Campylobacter infection will help to elucidate the cascade of events that influences Campylobacter colonization. Moreover, there are no effective control measures and there is a need to identify key events in the farm-to-fork production chain that are appropriate targets for prevention and control, to reduce food-borne campylobacteriosis.

Requirements: Theoretical knowledge on nutrition and bacteriology

Further information: Bacteriology, PCR, Classical histological techniques will be performed in this project

Duration of the thesis: 6 months
Start: as soon as possible
Language of the thesis: English
Feedback from students required by: End of March

Contact Details:

   

Short Description of the Thesis/Topic:
We are looking for students interested in molecular dynamics (MD) simulations of membrane proteins. Part of our research is concerned with the simulation of model biophysical membrane systems. In particular, we focus on the inner mitochondrial transmembrane carrier proteins immersed in a phospholipid bilayer composition. MD, as a computational method that uses Newton's laws to evaluate the motions of molecules in time, allows the understanding of biophysical systems at the molecular level. The goal is to study the function and stability of the membrane protein. The model systems provide insights into the yet unknown mechanisms and function of mitochondria.

Required Skills and Knowledge:
Previous experience and knowledge of biophysics and UNIX commands would be an advantage, but is not a requirement.

Planned duration of the thesis project:
March/April to July/August/September

Language of the Thesis:
English

Name of the Institute/Clinic/Unit:
Department of Biomedical Sciences

Contact Person for the Thesis:

Sanja Vojvodic
Sanja.Skulj@vetmeduni.ac.at
+43 1 25077-4572  

Interested candidates may reply until: 
March

Short Description of the Thesis/Topic:
Colitis is a frequent and serious problem in horses as well as humans. The pathophysiological mechanisms are supposed to involve a complex crosstalk between immune cells and epithelial cells that results in destruction of the epithelial barrier and further progression of disease. This project aims to establish a co-culture model of equine colon epithelium and immune cells to characterize the signalling pathways involved and to test new therapeutic approaches.

Required Skills and Knowledge:
High motivation, experience in cell culture work and/or molecular biology;  
BSc degree in Biology, Molecular Biology, Biotechnology, Biomedicine or a related subject 

Further Information:
We offer a highly supportive team, established methods and guidance by supervisor and colleagues.

Language of the Thesis:
German or English

Duration of the thesis:
6 months

Name of the Institute/Clinic/Unit:
Institute of Physiology, Pathophysiology and Biophysics, Department of Biomedical Sciences & Clinic for Horses, University of Veterinary Medicine Vienna

Contact Person for the Thesis:
Franziska DenglerFranziska.dengler@vetmdeuni.ac.at
Jessika Cavalleri - Jessika.cavalleri@vetmeduni.ac.at

Feedback from students requested by:
as soon as possible, flexible starting date

Please send a short CV and motivation letter.

 

Overall project: The SLA Complex: Molecular Genetics and Importance in Veterinary Vaccine Research

Short project description: Livestock species are a major source of animal protein worldwide. To ensure animal health and food safety, it is essential to prevent infectious diseases via biosecurity and use of well-designed vaccines and therapeutics. Advances in genomics have informed our understanding of the complexity of the immune system and the genes that influence disease and vaccine responses, with the most important being the major histocompatibility complex (MHC). Viral, bacterial and parasitic infections have severe influences on animal welfare and livestock economy. Development of an adaptive immune system to fight off these infections relies on effective activation of T lymphocytes and their recognition of pathogen-derived peptides presented by MHC molecules to T cell receptors (TCR). The highly polymorphic nature of the MHC allows for the presentation of a wide panel of antigenic peptides and thus influences disease resistance and vaccine responsiveness. In Europe, swine represent economically important farm animals and furthermore have become a preferred preclinical large animal model for biomedical studies, transplantation and regenerative medicine research. The need for typing of the swine leukocyte antigen (SLA) is increasing with the expanded use of pigs as models for human diseases and organ transplantation experiments and their use in infection studies and for design of veterinary vaccines. In this study, we characterise the SLA class I (SLA-1, SLA-2, SLA-3) and class II (DRB1, DQB1, DQA) genes of farmed pigs representing various commercial pig lines by low-resolution (Lr) SLA haplotyping. Further reading: Anim Genet. 2021 Aug; 52(4): 523–531. Published online 2021 May 24. DOI: 10.1111/age.13090

Previous knowledge/prerequisites:

  • BSc Degree in Biology, Molecular Biology, Biotechnology, Biomedicine or a related subject
  • Basic knowledge in molecular genetics and immunology
  • Experience with basic molecular techniques
  • Profound English language skills are welcome but not mandatory
  • Previous experience with veterinary immunology or immunogenetics is beneficial

Additional comments: If you are interested and would like to be part of the immunology research team, please send a cover letter and a curriculum vitae to Priv.-Doz. Dr. Sabine E. Hammer

Planned duration of the thesis project: 01.03.2024 - 30.09.2024 from March 1, 2024 to September 30, 2024

Name of the research unit: Institute of Immunology at the Department of Pathobiology

Supervisor: Priv.-Doz. Dr. Sabine E. Hammer

Interested candidates may reply until: February 16, 2024 16.02.2024

Kurzbeschreibung der Abschlussarbeit/des Themas: 
Eine passende Vitaminversorgung spielt eine wichtige Rolle bei der Gesundheit, Fruchtbarkeit und Leistung der Milchkühe. Oft kommt diese leider zu kurz mit negativen Konsequenzen, insebesondere bei Hochleistungsmilchkühen. In diesem Projekt soll im Rahmen eines praxisnahen Versuches der Einfluss eines gezieltes Zusatztes an fettlöslicher un wasserlöslicher Vitamine auf die Gesundheit und Leistung untersucht werden.

Anforderungen/erforderliche Kenntnisse: 
Ein überdurchnittlich-abgeschlossenes Studium der Veterinärmedizin, vorzugsweise mit Vertiefung in Widerderkäuermedizin und Interesse an einer Forschungsarbeit zum Thema Ernärhgung und Gesudnheit der Kühe. Fähigkeit der Verfassung von Publikationen in Englischer Sprache. Gute Deutschkentnisse sind von Vorteil.

Zustätzliche Bemerkungen:
Auch Studierende am Ende des Studiums können sich bewerben. Die Dissertationsstelle wird bis zu 30 h/Woche nach dem KV bezahlt werden.

Voraussichtliche Dauer der Abschlussarbeit:
01.05.2024 bis 30.04.2027

Sprache, in der die Abschlussarbeit verfasst werden soll:
Englisch

Organisationseinheit: 
Zentrum für Tierernährung und Tierschutzwissenschaften

Ansprechpartner:in/Betreuer:in für die Abschlussarbeit:

  • Prof. Dr. Qendrim Zebeli
  • E-Mail: qendrim.zebeli@vetmeduni.ac.at

Rückmeldung von Interessent:innen erbeten bis: 
Ende April 2024

Short Description of the Thesis/Topic:

Topics include:
• Adaptation from reduced genetic variation.
• Adaptation to complex environments.
• Inference of selection signatures from time-series data.
• Long-term dynamics of local Drosophila populations.
• Making sense of whole-genome polymorphism data.
• The role of deleterious mutations for adaptation and maintenance of variation.
• Unraveling the impact of gene flow during species divergence.

Required Skills and Knowledge:

Over the past years, Vienna has developed into one of the leading centres of population genetics. The Vienna Graduate School of Population Genetics has been founded to provide a training opportunity for PhD students to build on this excellent on-site expertise.

We invite applications from highly motivated and outstanding students with a love for evolutionary research and a background in one of the following disciplines: evolutionary genetics, functional genetics, theoretical or experimental population genetics, bioinformatics, mathematics, statistics.

Additional Information:

Only complete applications (application form, CV, motivation letter, university certificates, indication of the two preferred topics in a single pdf) received by April 01, 2024 will be considered. Two letters of recommendation need to be sent directly by the referees.

PhD students will receive a monthly salary based on currently € 2.464,80 before tax according to the regulations of the Austrian Science Fund (FWF).

All information about the about available topics, the training program and the application procedure can be found at www.popgen-Vienna.at

Planned duration of the thesis project:
01.08.2024 bis 31.07.2027

Language of the Thesis:
English

Name of the Institute/Clinic/Unit:
Inst. für Populationsgenetik

Contact Person for the Thesis:

Dr. Julia Hosp
Coordinator
c/o
Institut für Mathematik, Universität Wien
& Institut für Populationsgenetik, Veterinärmedizinische Universität Wien

T +43 1 25077 4302

Interested candidates may reply until: 
01.04.2024